二溪舊稱「二重溪」，古時候交通不便，由善化或玉井方向欲至二溪都需涉溪兩次而得名，以下為本校大事紀： 民國7年3月31日創立噍吧哖公學校二重溪分校、 民國10年4月1日獨立為二重溪公學校、 民國39年9月1日設立其子瓦吉林分校、 民國41年改稱為二溪國民學校、 民國44年吉林分班改稱為吉林分校、 民國57年8月改稱為臺南縣大內鄉二溪國民小學、 民國83年8月1日吉林分校改為吉林分班、 民國89年8月1日吉林分班廢除、 民國99年12月25日因臺南縣市升格為直轄市，改名臺南市大內區二溪國民小學。 在歷屆校長與教師團隊的努力下，本校團隊有跳繩隊、醒獅戰鼓隊、合唱團、自然保育社、運算思維社團等，民國六十八年成立的「跳繩隊」每每參加民俗體育競賽，皆能獲得不錯的成績；「醒獅戰鼓隊」在國家級教練的帶領下，不論是傳統藝術比賽或社區展演，都能獲得大家的好評；而「合唱團」勾起學生的音樂魂，愛唱歌的孩子不會變壞；擁有大自然寶庫的「自然保育社」，讓學習場域無限放大，學習材料俯拾即是；「運算思維社團」的系統化課程訓練學生的邏輯思考能力與問題解決能力，期待落實學校四大願景「在地生活、積極勤奮、友善尊重、多元學習」；適性揚才，成就每一位學生，期許二溪學子都能是「德、智、體、群、美」五育均衡的好學生。