赤崁國小創立於民國前十二年，並定名為「大赤崁公學校」，以赤崁澳大赤崁鄉為學區，由於尚未有正式的教室可用，即假大赤崁水仙宮為校舍，澎湖廳並派日人久場政用為首任校長。在克難的環境下，仍不忘為地方作育英才的使命，此為本校創立之濫觴。爾後經過多次的變更學區及學校名稱，仍無減損其對地方發展上的影響力。民國十一年通樑、港尾分校分別獨立為後寮公學校、港尾公學校。同時，本校校舍移建至大赤崁現址，校名改稱為赤崁公學校，吉貝分教場仍屬本校。 民國三十年，奉令校名改稱赤崁國民學校。民國三十二年增設鳥嶼分教場，隔年，吉貝分教場獨立為吉貝國民學校。民國三十五年，鳥嶼分教場也獨立為鳥嶼國民學校，同時增設員貝分班，民國五十七年，正式定名為白沙鄉赤崁國民小學。